La historia del Club se remonta a principios del Siglo XX en la ciudad de Guadalajara. Empleados de un almacén llamado La Ciudad de México, encabezados por los hermanos Rafael y Gregorio Orozco, el 8 de mayo de 1906 formaron un equipo de futbol al que llamaron Club Unión, y que tenía el patrocinio del dueño del almacén, el inmigrante belga Edgar Everaert. En ese entonces el equipo "Club Unión" estaba conformado por Calixto Gas, Max Woong, Bonmarck, Ernesto Caire, Esteban y Francisco Palomera, Alfonso Cervantes, Ramón Gómez, Augusto y Calixto Teissier, todos ellos dirigidos por Don Rafael Orozco. El primer partido que jugo este equipo fue contra el Atlético Occidente, con resultado favorable para el Unión. Edgar Everaert, Fundador del Club Deportivo GuadalajaraFue el señor Everaert quien en 1908 tiene la idea de cambiarle el nombre al equipo a Guadalajara pues sabía que un equipo despertaría mas pasión entre sus seguidores si llevaba el nombre de su ciudad, es entonces que nace el Club Deportivo Guadalajara como tal. A nivel amateur el Guadalajara conquistó 13 campeonatos (1906-1943), el primero de ellos en la campaña 1908-1909, el equipo que lo logro estaba formado por Edgar Everaert, Alfonso Cervantes, Joaquín Nieto, Miguel Murillo, Gregorio Orozco, Eugenio Cherpenel, Calixto Gas, Agustín Arce, Carlos Luna, Adolfo Orozco, Zenén Orozco, Max Woog y Rafael H. Orozco. Con estos 13 títulos el Guadalajara se convirtió en el equipo más ganador de la época amateur de primera fuerza de Jalisco, le siguieron el Nacional con ocho y el Atlas con cinco. En esta época el Guadalajara jugaba en contra de equipos como el Atlético Occidental, el Excélsior, el Iturbide, el Liceo de Varones, el Cuauhtémoc, el Atlas, el Oro, el Nacional, etcétera. Fue en esta misma época que surgieron las primeras rivalidades, al principio había cierto competencia con el Club Liceo, pero con la fundación del Atlas (1916), fue que nació la rivalidad más añeja del fútbol mexicano (El Clásico Tapatío). El equipo ingresa a la Liga Mayor Profesional en 1943, el mismo año en que fue fundada pero en esos primeros años dentro del profesionalismo, el Guadalajara no logró nada trascendente a nivel deportivo. Fue hasta los años cincuenta cuando el equipo comienza a destacar y se gana el mote de "Ya merito" por parte de la afición pues siempre se quedaban cerca de ganar su primer título profesional sin conseguirlo. Por fin, el 3 de Enero de 1957 en la cancha Oblatos, consiguen su primer título de liga al derrotar al Irapuato 1 a 0 con gol del legendario goleador del club, Salvador Reyes. El "Ya merito" había desaparecido y gracias al dominio que el Guadalajara ejerció posteriormente al ganar los títulos 1958-1959, 1959-1960, 1960-1961, 1961-1962, 1963-1964,1964-1965 y 1969-1970 se ganó el título de Campeonísimo que puede presumir como exclusivo ya que ningún otro equipo de la liga ha logrado ejercer el dominio casi monopólico que el Guadalajara tuvo en aquella época. Desde 1970, las Chivas se han adjudicado el trofeo de campeón mexicano en sólo tres oportunidades. Malos manejos directivos y deportivos además del número creciente de extranjeros que llegan a la liga mexicana le han hecho difícil al Guadalajara poder competir con un plantel formado en su mayoría con jugadores de fuerzas básicas. Sin embargo, el equipo se mantiene fiel a su tradición de darle oportunidad al futbolista mexicano de trascender y ser protagonista de las glorias del club. Recientemente se dio la primera exportación al futbol europeo de un jugador salido de las canteras del equipo, el defensa central Carlos Salcido que fue adquirido por el club holandés PSV Eindhoven donde pronto se ha convertido en un jugador destacado. Otra joven promesa surgida de la cantera que también dio el salto (aunque no llegó a debutar con el Guadalajara) es el delantero Carlos Vela Campeón con la Selección Mexicana en el Mundial Sub-17 2005 y que fue adquirido por el club inglés Arsenal y actualmente, mientras cumple la mayoría de edad juega cedido con el UD Salamanca de la Segunda División española donde ya es toda una figura del club. Otros jugadores de gran nivel como Omar Bravo y Alberto Medina resaltan la importancia de confiar en el jugador mexicano como una manera de beneficiar no sólo al club sino también al país. El 10 de diciembre de 2006, con la modalidad de Liguilla final, el Guadalajara derrota al Deportivo Toluca en la Bombonera por un global de 3:2, después de empatar 1:1 en el Estadio Jalisco, y de ir abajo en el marcador por 1:0 en el partido de vuelta, pero el "Rebaño" reaccionó con anotaciones de Francisco "Maza" Rodriguez y de Adolfo "Bofo" Bautista para alzarse con la copa. En una Final cerrada, Chivas comenzó perdiendo pero logró dar vuelta el partido, para derrotar por 1:2 al Toluca en el estadio Nemesio Díez, logrando ganar el título del Apertura 2006 con un global de 2:3. El Rebaño Sagrado se corona así Campeón en el cierre de sus festejos del Centenario y por primera vez con Jorge Vergara como dueño del equipo. Chivas suma su onceavo título en la Primera División de México, colocándose de nuevo como el equipo con más Campeonatos superando por uno al Club América que los había alcanzado en el Clausura 2005.